有關報載「本縣幅員遼闊，山坡地比例高，許多土地被劃為國土保育地區，縣長指示有條件改劃農業發展地區」1事，特此說明，本府繪製本縣國土功能分區圖，皆依據內政部國土管理署「國土功能分區及其分類與使用地劃設作業手冊」劃設，內政部為使現行區域計畫使用分區順利轉軌國土計畫功能分區，爰訂定「國土功能分區及其分類與使用地劃設作業手冊」劃設條件，而各直轄市、縣（市）政府依照中央訂定全國一致性標準進行劃設作業，無法任意調整與變更。
國土功能分區繪製時使用各項環境敏感地圖資，皆原為相關主管機關（如：林業、環保、水利、地質…等）依各目的事業法令劃設之保育或保護區域所劃定，早已行之有年，並非繪製國土功能分區所新設。其中本縣國土保育地區第一類土地大多為「飲用水水源水質保護區」（鯉魚潭水庫、永和山水庫、明德水庫）、「水庫蓄水範圍」、「保安林地」及「河川區域範圍」等，並非因本縣山坡地範圍比例高，而廣為劃設國土保育地區。另查鄰近縣市劃設國土保育地區情形，如新竹縣國土保育地區面積計70,860公頃（比例40.63%）、南投縣國土保育地區面積計303,014公頃（比例73.80%），本縣劃設國土保育地區範圍面積計92,727公頃（比例26.10%），劃設面積並未多於鄰近縣市。
依據內政部國土管理署政策說明內容：依照目前「國土計畫土地使用管制規則容許使用情形表草案」方向，劃設為國土保育地區第一類或第二類之土地，原屬區域計畫法編定的建築用地（例如甲種、丙種建築用地）得繼續住宅、零售等生活使用，合法農業使用土地（例如農牧、養殖用地）也可繼續作為農業使用，包含農作（包含農機具）、農田水利、農作生產、農作管理、養畜、養禽、休閒農業體驗等設施，未來均得繼續使用，其合法權益不受影響；另原依區域計畫法編定之農牧用地、養殖用地、鹽業用地範圍內，仍可依「農業發展條例」相關規定申請農舍，既有合法權益仍受保障。