本縣境內保安林、國有林地或依原區域計畫法劃定森林區及自來水保護區等區域劃設為國土保育地區，是依行之多年由各目的事業法令劃設之保育或保護區域所劃定，為維民眾權益，本府對有關「飲用水水源水質保護區」劃設為國土保育地區第一類已多次向內政部反映。
環境敏感地區分為災害敏感、生態敏感、文化景觀敏感及資源利用敏感4類，國土功能分區繪製時使用各項環境敏感地圖資，皆為原相關主管機關（如：林業、環保、水利、地質等）依各目的事業法令劃設之保育或保護區域所劃定，早已行之有年，並非繪製國土功能分區所新設。
國土保育地區第1類是依據自然保留區、野生動物重要棲息環境、國有林事業區內之自然保護區與 國土保安區、保安林地、其他公有森林區、自然保護區、水庫蓄水範圍、飲用 水水源水質保護區及公告河川區域線（經水利主管機關依法公告之河川區域 內、水道治理計畫範圍線或用地範圍線）等範圍劃設。
國土保育地區第2類是依據國有林事業區內之林木經營區與森林育樂區、山崩地滑地質敏感區、土石流潛勢溪流、山坡地加強保育地及自來水水質水量保護區（以屬原區域計畫法劃定之森林區、山坡地保育區及風景區為主）等範圍劃設。
依據內政部國土管理署政策說明，依照目前「國土計畫土地使用管制規則容許使用情形表草案」方向，劃設為國土保育地區第一類或第二類之土地，原屬區域計畫法編定的建築用地（例如甲種、丙種建築用地）得繼續住宅、零售等生活使用，合法農業使用土地（例如農牧、養殖用地）也可繼續作為農業使用，包含農作（包含農機具）、農田水利、農作生產、農作管理、養畜、養禽、休閒農業體驗等設施，未來均得繼續使用，其合法權益不受影響；另原依區域計畫法編定之農牧用地、養殖用地、鹽業用地範圍內，仍可依「農業發展條例」相關規定申請農舍。
有關「飲用水水源水質保護區」劃設為國土保育地區第一類相關事宜，本府前已數次向內政部反映民眾及公所疑慮，內政部已參考全國民眾反應適度調整「國土計畫土地使用管制規則容許使用情形表草案」。