一、水產養殖1.近海、淺海、沿岸及淡水養殖各項生產獎勵補助2.關於魚苗養殖各項業務事項3.養殖漁業登記證照之核發4.水產物之查估5.水汙染糾紛協調6.養殖漁塭之間閘及設施容許使用7.各項水產推廣事宜8.協同農委會漁業署辦理有關水產業務之考核與督導二、漁船管理1.二十噸以下漁船筏汰建、異動管理2.漁船油核配管理3.定期通知辦理漁船執照換發三、漁港管理1.漁港管理計畫與經費之核定2.漁船申報進出港業務四、漁民濟助與救助1.漁業災難救濟補助、核轉2.漁業天然災害之處理3.漁業貸款核轉事項4.徵收土地之水產物補償費、遷移費查估審核5.漁民健保之補助五、漁業管理(1)執照核發1.漁業執照之核、補發2.漁業權設定及登記(2)證照核發1.管筏檢丈註冊及證照核發2.漁船油配油手冊核(換)發及管理3.漁船船員手冊核換發及管理4.二十噸以下漁船證照之換發補證5.受委託辦理二十噸以上漁船核發無拖網設備證明(省或中央委託辦理)(3)糾紛處理1.漁業公害糾紛處理2.漁業糾紛調解3.水污染糾紛之協稠(4)漁業調查1.漁業調查統計資料彙整(5)資源保育1.漁業資源培育及種苗放流2.漁業資源之保育管理3.非法漁業處理(6)其它1.漁業管理相關計畫與經費之核定六、漁業公共工程1.漁港及碼頭附屬漁業設施、岸上公共設施籌設2.漁港維護及管理事項3.漁港區域之劃定4.漁村產業道路開闢及養護5.各項漁業設施勘查補助興建