一、近海、淺海、沿岸及淡水養殖各項生產獎勵補助、證照審查核發、查估及水產推廣工作。二、協同農委會漁業署辦理有關水產業務之考核與督導。三、二十噸以下漁船筏汰建、異動管理。四、定期通知辦理漁船筏執照換發及漁船油核配管理。五、漁業及漁港管理計畫與經費之核定。六、漁船申報進出港業務。七、漁業天然災難處理、救濟補助及貸款核轉事項。八、漁民健保之補助。九、漁業權設定登記及漁港區域之劃定。十、漁船船員手冊核換發及管理。十一、漁業糾紛處理、調解。十二、漁業調查統計資料彙整。十三、漁業資源之保育管理及非法漁業處理。十四、漁港及碼頭附屬漁業設施、岸上公共設施籌設。十五、漁港維護管理及漁村產業道路開闢及養護。十六、各項漁業設施勘查補助興建。