休閒農場申請之法源依據為「休閒農業輔導管理要點」，申請主要為「籌設許可」、「同意容許使用」、「登記許可證核發」等三個階段，其中取得「籌設許可」日起4年內應取得「登記許可證核發」。
一、申請程序：
(一)農場申請人應先行至【休閒農場申設管理與查核作業系統】(https://leisurefarm.ardswc.gov.tw/ApplyFarm/Agree) 填具申請書，並檢具經營計畫書一式 6 份，向農業單位提出申請。
(二)直轄市或縣（市）政府受理申請後，應檢查申請文件與內容是否符規定，不符合規 定者以書面通知申請人補正或退回申請書件；合於規定者應會同有關單位審核，並依下 列程序辦理：
1. 休閒農場申請面積未滿十公頃者，由本府審查並核發籌設同意文件，副本抄送行政 院農業委員會（以下簡稱農委會）。
2. 休閒農場申請面積在十公頃（含）以上者，經直轄市或縣（市）政府初審後，報經 農委會複審並核發籌設同意文件。
二、申辦應備證件：申請籌設休閒農場，應檢附經營計畫書各一式六份。但主管機關得依審查需求， 增加經營計畫書份數。
[依休閒農業輔導管理辦法第 19 條規定]
(一)自然人：檢附身分證明文件正反面影本，法人：檢附負責人身分證明文件影本及法人設立登記文件影本。
(二)休閒農場經營計畫書。
1. 相關附表：
2. 附表1.土地使用清冊
3. 附表2.現有設施盤點表
4. 附表3.各項設施計畫表
5. 附表3-1.休閒農場使用國有非公用土地委託經營權利金計收範圍清冊
(三)相關附件：
1. 附件1-1.最近三個月內核發之土地登記謄本；正本乙份，其餘影本。
2. 附件1-2.最近三個月內核發之地籍圖謄本；正本乙份，其餘影本(著色標明申請範圍及編定用地類別；比例尺不得小於1/4800或1/5000)。
3. 附件1-3.最近三個月內核發之都市土地或國家公園土地使用分區證明；正本乙份，其餘影本。(屬都市土地或國家公園土地者應檢附)
4. 附件2.經法院或民間公證人公證之土地使用同意文件併附土地所有權人身分證明文件影本，或公有土地申請開發同意證明文件。但土地為申請人單獨所有者，免附。(土地同意使用文件，應載明同意作休閒農場經營，且同意該地號上既有設施之使用及同意在該地號上設置設施等，亦須一併註明。)
5. 附件3.地理位置及相關計畫示意圖(以比例尺1/25000的地形圖縮圖繪製；申請面積未達2公頃者，得以其他足以表明位置之地圖繪製)。
6. 附件4.基地現況使用及範圍圖(以比例尺1/2500的相片基本圖縮圖或地籍圖縮圖繪製，休閒農業發展資源之相關計畫亦應一併標註)。
7. 附件5.農業經營實績(應提具現地照片、農產品生產量、購買農業資材或農產交易紀錄等資料)。
8. 附件6.現有設施合法使用證明文件或相關經營證照。但無現有設施者，免附。(合法文件明細表，如申請書附表2)
9. 附件7.全區土地使用規劃構想及配置圖(除設施外，並需註明供農業、森林、水產、畜牧等事業使用之利用區位及使用規劃)；有分期者應依分期規劃構想，以顏色及文字標註以資區別。
10. 附件8.其他(各地方主管機關依審查需求訂定)
(四)申請人委任代理人申請者，應同時依行政程序法第二十四條規定提供委任書。
申請休閒農場常見問題(Q&A)
Q1.休閒農場有申設條件門檻嗎?
一、土地面積須達1公頃以上(位於休閒農業區內0.5公頃以上)。
二、農業用地面積不得低於休閒農場總面積90%。
三、申請之場域應具有60%以上之農林漁牧生產事實。
四、至少應有一條直接通往鄉級以上道路之合法聯外道路。
Q2.可以只申請露營嗎?
一、休閒農場之露營設施，法源依據為「休閒農業輔導管理要點」，其範圍含適當之露營活動空間區域，且應配置休閒農業經營所需其他農業設施，不得單獨提出申請。
二、最大興建面積以休閒農場內農業用地面積10%為限，且不得超過2,000平方公尺。
三、舖面以植被或透水鋪面設置為原則，若有設施設置應以無固定基礎，但必要時得設置點狀基樁。
Q3.休閒農場登記許可證核發後之違規樣態與處置方式?
一、休閒農場涉及名稱、負責人、經營項目變更、停業或復業者，於事前報經縣府報請中央主管機關辦理變更。
二、休閒農場之經營計畫書內容、面積範圍變更者，應依規定申請核准。違反規定者，由縣府通知限期改正，屆期不改正，依農業發展條例第71規定處罰，並廢止休閒農場許可登記證。
三、農業發展條例第71條規定休閒農場未經主管機關許可，自行變更用途或變更經營計畫者，由縣府通知限期改正，屆期不改正，處6~30萬元罰鍰，並按次分別處罰，情節重大者，並得廢止許可登記證。